Freie Stadt und Reichsstadt
In den Jahren 1207 und 1230 verliehen König Philipp von Schwaben und Kaiser Friedrich II. der Stadt umfangreiche Privilegien (in der Forschung als Philippinum bzw. Fridericianum bekannt), die in der Folge den Aufstieg zur Freien Stadt (umgangssprachlich Freie Reichsstadt) ermöglichten. Schon am 10. November 1245 erreichten die Regensburger Bürger, dass Kaiser Friedrich II. der Stadt das Recht der Selbstverwaltung mit dem Privileg „einen Bürgermeister und Rat zu setzen“ bestätigte. Dies führte zusammen mit dem lukrativen Fernhandel und dem Auszug der bayerischen Herzöge nach Landshut 1255 zu einem Erstarken der Bürgerschaft. Damit begann der über Jahrhunderte fortbestehende Konflikt der Stadt mit dem Regensburger Bischof und vor allem dem umliegenden Herzogtum Bayern. Vermutlich nach 1260 wurde mit dem Bau des Regensburger Doms St. Peter begonnen. Zusammen mit der Steinernen Brücke ist er das Wahrzeichen der Stadt.
Nach Jahren des wirtschaftlichen Niedergangs setzte eine probayerische Partei 1485/86 den Anschluss der Stadt an das Herzogtum Bayern-München durch. Die städtische Reichsunmittelbarkeit wurde 1492 wieder hergestellt. Regensburg verlor dabei seinen Status als Freie Stadt und war nur mehr eine gewöhnliche Reichsstadt. Als sich die inneren Unruhen fortsetzten, griff der römisch-deutsche König und spätere Kaiser Maximilian I. im Jahr 1500 in die inneren Verhältnisse ein. Er oktroyierte Regensburg eine neue Stadtverfassung, die sogenannte „Regimentsordnung“, die 1514 modifiziert wurde und formal bis 1803 in Kraft blieb. 1519 wurde in einem Pogrom die damals größte jüdische Gemeinde Deutschlands vertrieben. Vorausgegangen war eine Anordnung des Stadtrats am 21. Februar, der damit einer Forderung christlicher Handwerker nachkam. Die Regensburger nutzten das Machtvakuum nach dem Tode Maximilians am Neujahrstag 1519 bis zur Krönung von Karl V. Das alte Judenviertel wurde zerstört und es entstand eine lukrative Wallfahrt zur schönen Maria, der heutigen „Neupfarrkirche“, auf gleichnamigen Platz.
1541 fand in der Neuen Waag am Haidplatz das Regensburger Religionsgespräch zwischen Philipp Melanchthon und Johannes Eck statt, ein Versuch, die sich vertiefenden Gräben zwischen Katholiken und Protestanten zu überbrücken.[6] Nach Auseinandersetzungen zwischen Kirche und Rat wurde die Reichsstadt 1542 evangelisch. Man erhoffte sich dadurch eine größere Unabhängigkeit vom katholischen Bischof und vom Kaiser. Der Konflikt mit dem Fürstbischof und dessen Hochstift Regensburg eskalierte dadurch weiter. 1630 wurde auf dem Regensburger Kurfürstentag Wallenstein abgesetzt. 1633 wurde Regensburg im Dreißigjährigen Krieg von schwedischen Truppen unter Bernhard von Weimar erstürmt. 1634 wurde es von kaiserlichen und bayerischen Truppen wieder zurückerobert.
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